“Noche oscura del alma†es una de las tres obras más importantes de este poeta.
El tema del poema es el amor divino, la reunión del alma con Dios, tal y como se puede observar en los versos 24 y 25 (“Amado con amado, / amada con Amado transformada!â€).
Según el tema, el poema se fragmenta en tres partes.
La primera parte está formada por las dos primeras liras, en las cuales se cuenta como la amada huye de su casa para encontrarse con su amado, es decir, como el alma huye del cuerpo para reunirse con Dios. Esta acción se puede considerar la vÃa purgativa, en la cual el alma se libera de sus pecados para poder llegar a Dios.
La segunda parte está constituida por la tercera y cuarta lira, en las cuales la mujer busca a su amado sin ayuda de ninguna luz, sólo con los dictámenes del corazón. En clave religiosa, se corresponde a la vÃa iluminativa, en la que el alma, a libre de las cargas mundanas, busca el camino para llegar a Dios, tan sólo con la ayuda de su intuición.